林森，原名天波，字长仁，号子超。晚年自号青芝老人，别署百洞山人、虎洞老樵、啸余庐主人。清同治七年正月十八日(1868年2月11日)出生于今闽侯县祥谦镇凤港村。光绪三年(1877年)入教会办的培元学校读书，光绪七年进鹤岭英华书院，光绪九年考取台湾中西学堂电科，光绪十二年毕业
后到台北电报局工作。光绪十七年，与邻村郑氏女结婚，婚后3天即赴台湾。光绪十九年郑氏病故，林森誓不再娶，无子嗣。
光绪二十一年，台湾被割让给日本，林森参加义军抗日，失败后返回福州，入母校英华书院任教。光绪二十四年，他再度赴台湾，正式加入兴中会，并考取台南地方法院嘉义支部通译。他联络岛上爱国志士，进行反清抗日活动，因日本当局侦捕，于翌年返回福州。
光绪二十八年，他考入上海海关工作。次年春，与林述庆等发起组织旅沪福建学生会，林森任会长。光绪三十一年，中国同盟会成立，林森率全体会员加入，并在福州设立分会，创办福州阅报社。
宣统元年(1909年)，林森由上海调往江西九江海关工作，他设立浔阳阅书报社宣传革命，还着手创办商团，举办军事训练班，进行联络新军的工作，为武装反清作准备。
宣统三年八月十九日(1911年10月10日)，辛亥革命爆发。为响应武昌起义，林森与驻九江的新军五十三标标统马毓宝举行秘密谈判，劝其参加革命军，马氏见清廷大势已去，遂决定于九月初二(10月23日)夜10时鸣炮起义。九江兵不血刃，宣告光复，公推马毓宝为九江都督，林森为民政部长，通电全国。这时，清军反扑，汉口失守。林森亲率敢死队及粮、钱、枪枝弹药增援武昌，又回九江与吴铁城、李烈钧等革命党人策动长江海军舰队举义，继而主持军事会议，分兵增援武汉、安庆，派员驰赴镇江，支援新军第九镇第十八协营官林述庆起义。九月十七日(11月7日)镇江光复，进而攻取南京。在稳定辛亥革命大局中，林森功勋卓著，孙中山赞扬说：“武昌首义，九江最早响应，鼎力支援，使革命得以顺利发展，如此之功，吾人佩甚!”同年年底，他代表江西参加沪宁会议，制定《临时政府组织大纲》，推举孙中山为中华民国临时大总统。
民国元年(1912年)1月28日，临时参议院在南京成立，林森被选为议长，他亲自主持制订《临时约法》，极力拥护孙中山的各项主张。4月28、29日，林森以议长身份删除袁世凯有损国格的致词，并制止袁氏佩剑至参议院。不久，临时参议院迁往北京，林森辞去议长职务，回福建组织国民党福建支部。
民国2年4月，林森出席在北京召开的第一届国会，被选为参议院全院委员长。7月，孙中山领导的二次革命爆发，林森在北京召开两院部分同志秘密会议，决定一部分国民党议员离京南下，其余在林森领导下继续留在国会进行反袁斗争。6月间，国民党理事长宋教仁被袁暗杀。林森主持追悼会，并通过国会严令追查凶手。二次革命失败后，孙中山东渡日本，袁被选为正式总统。11月，袁下令解散国民党，国会随之停止活动，林森于12月赴日。
